​03.06.2011 tarih ve 639 (651 ve 662 Sayılı Kanun Hükmünde Kararnameler ile Değişik) sayılı Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığının Teşkilat ve Görevleri Hakkında Kanun Hükmünde Kararnamenin ilgili maddeleri ile 27/09/1984 tarih ve 3046 sayılı Bakanlıkların Kuruluş ve Görev esasları Hakkında Kanunun 37 nci maddesi Hükmüne dayanılarak hazırlanan ve 29/11/2011 tarih ve B.12.HKM.0.02.144.MEV-2011-127/66 sayılı Makam Oluru ile yürürlüğe giren Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı Merkez Teşkilatı Görev Yönergesinin 77. Maddesine göre Mali İşler Daire Başkanlığının görevleri şunlardır:

MADDE 77 - (1) Mali Hizmetler Daire Başkanlığının görevleri şunlardır:

a) Başkanlığın bütçesini hazırlamak, bütçenin uygulanmasını takip etmek ve mali işlerle ilgili hizmetlerini yürütmek,

b) Başkanlığın sorumluluk alanında bulunan her türlü mal ve hizmet alımlarının gerçekleştirmek ve ödeme emirlerini düzenlemek,

c) Taşınır Mal Yönetmeliği esasları çerçevesinde Başkanlığın taşınır mal kayıtlarını tutmak ve muhafaza etmek,

ç) Merkez Döner Sermaye İşletmesinin mal ve hizmet alımı ile yapım işlerini yapmak,

d) Başkanlık personelinin her türlü maaş, prim, ikramiye, tazminat, görev yolluğu, izin, rapor, görevlendirme, sicil, disiplin, intibak, emeklilik gibi özlük hakları ile ilgili işlemlerini yürütmek,

e) Bakanlık döner sermaye işletmelerinin bütçelerini, hesaplarını, bilançolarını incelemek, düzenlemek ve diğer iş ve işlemlerini yapmak,

f) Taşrada döner sermaye işletmesi kurmak,

g) Bakanlık merkez birimlerini kapsayan döner sermaye işletmesi kurmak ve işletmek,

ğ) Başkanlıkça verilecek benzeri görevleri yapmak.​