1969 yılında “Ardahan Arıcılık Üretme İstasyon Müdürlüğü” olarak kurulmuş olan, 2008 yılında Bakanlar Kurulu Kararı ile Tarım ve Köy İşleri Bakanlığı Tarımsal Üretim ve Geliştirme Genel Müdürlüğünün bağlı kuruluşu olarak faaliyetine devam eden “Kafkas Arısı Üretim, Eğitim ve Gen Merkezi Müdürlüğü” yeniden yapılandırılmış ve Genel Müdürlüğümüz bağlı kuruluşu olarak faaliyetlerini sürdürmektedir.
Müdürlüğün kapasitesi, hizmet alanı, laboratuvarları, üretim tesislerinin artırılması nedeniyle kurum görevleri, çalışma usul ve esaslarını belirleyen 2022/6 Sayılı Yönerge Makamın 30/06/2022 tarihli ve E.6107316 sayılı Olurlarıyla yürürlüğe girmiştir.