Tarımsal Desteklemeler Daire Başkanlığının görevleri şunlardır: 

a) Bakanlığın destekleme politikalarının belirlenmesine katkıda bulunmak ve bu politikaları uygulamak için gerekli tedbirleri almak.

b)  18/4/2006 tarihli ve 5488 sayılı Tarım Kanunun 19 uncu maddesinde istinaden Bakanlıkça yapılan tarımsal destekler ile ilgili bütçe ve ödemelere ait iş ve işlemleri gerçekleştirmek.

c) Tarımsal desteklerle ilgili olarak, Hazine ve Maliye Bakanlığı, T.C. Ziraat Bankası A.Ş. Genel Müdürlüğü ve diğer birimler ile koordinasyonu sağlamak.

ç) Tarım sektörüne ve kırsal kesimlere verilecek desteklere ilişkin çalışmalar yapmak, teklifte bulunmak ve 5488 sayılı Tarım Kanunu uyarınca Tarımsal Destekleme ve Yönlendirme Kurulunun sekretarya hizmetlerini ve koordinasyon faaliyetlerini yürütmek.

d) Çiftçi Kayıt Sistemi ile ilgili mevzuat ve işlemleri yürütmek.

e) Genel Müdür tarafından verilen benzeri görevleri yapmak.