İlgili sertifikasyon mevzuatlarının ücretler başlıklı maddesinde ''Bu Yönetmelik kapsamında yapılan tarla kontrolü, laboratuvar analizleri, belgelendirme ve etiket hizmetleri ücrete tabidir. Bu ücretler Bakanlık tarafından yeniden değerleme oranında arttırılarak her yıl ocak ayında belirlenir. Ücretler, 28/12/2006 tarihli ve 26390 sayılı Resmî Gazete'de yayımlanan, "Tarım ve Köyişleri Bakanlığı Döner Sermaye İşletmeleri Uygulama Yönetmeliği" hükümlerine göre, hizmeti veren kuruluşun döner sermaye işletmesi hesabına peşin olarak yatırılır.'' hükmü yer almaktadır. Bu kapsamda kamu kaynaklarının zarara uğratılmaması, işlemlerin daha hızlı ve sağlıklı yürütülebilmesi ve özel sektörün mağdur olmaması açısından analiz ücretlerinin peşin yatırılması zorunlu olup, ücreti peşin olarak ödenmeyen analiz numuneleri işleme alınmayarak iade edilecektir.