Ülkemizde sert ve yumuşak çekirdekli ılıman iklim meyve türlerinde virüsten ari ve sertifikalı fidanlar üreterek kamu ve özel sektör fidanlıklarının temiz anaç ve aşı kalemi ihtiyaçlarını karşılamak ve bunların getirdiği numunelerde virüs testi yaparak özel ve tüzel üreticilerinin fidanlarını kontrol etmek üzere kurulan müdürlüğümüzün kuruluş çalışmaları 1980 ‘li ​yıllara dayanmaktadır. Yalova Atatürk Bahçe Kültürleri Merkez Araştırma Enstitüsü tarafından yürütülen bir proje doğrultusunda  Karacabey Tarım İşletmesi arazisinden istimlak edilen 670 dekarlık bir alanda kurulan Müdürlüğümüzün arazi, bina ve diğer altyapı çalışmalarının tamamlanmasından sonra 1994 yılında  Merkez Üretme İstasyonu Müdürlüğü adı altında faaliyete geçmiştir. 2002 yılından itibaren  Fidan ve Fide Test Merkezi Müdürlüğü adı altında çalışmalarını sürdürmektedir.​