İlimizde Kontrol ve Sertifikasyon hizmetlerini yürütmek üzere Tohumluk Kontrol ve Sertifikasyon Laboratuvar Müdürlüğü 1983 tarihinde kurulmuştur. 1986 tarihinde Bakanlığımızın yeniden yapılandırılmasıyla İl Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü bünyesinde Tohumluk Kontrol ve Sertifikasyon Laboratuvarında Kontrol ve Sertifikasyon işleri de yürütülmüştür. Kontrol ve Sertifikasyon hizmetleri 1986 dan 2012 yılı sonuna kadar Samsun Gıda Kontrol Laboratuvar Müdürlüğü laboratuvarında yapılmıştır.

İl Kontrol Müdürlüğü Binası ( 1986 - 2012 )

        Samsun Tohum Sertifikasyon Test Müdürlüğü, doğrudan Bakanlık Bitkisel Üretim Genel Müdürlüğüne bağlı kuruluş olarak 03.06.2011 tarih 639 karar sayılı Gıda Tarım ve Hayvancılık Bakanlığının Teşkilat ve Görevleri Hakkında Kanun Hükmündeki kararname ile kurulmuş bu  karar 08.06.2011 tarih ve 27958 sayılı Resmi Gazetede yayımlanmıştır.

          Bitkisel Üretim Genel Müdürlüğünün 10.10.2011 tarih ve 2878 sayılı yazısında belirtilen talimatlar gereği Samsun Tohum Sertifikasyon Test Müdürlüğü kuruluş çalışmalarına başlamıştır.

         Bakanlığımız Destek Hizmetleri Daire Başkanlığının 23.12.2011 tarih ve 948 sayılı yazılı olurları ile Samsun Tohum Sertifikasyon Test Müdürlüğü'ne Karadeniz Tarımsal Araştırma Enstitüsünün kullanımında olan (eski Toprak-Su Kaynakları Araştırma Enstitüsü'ne ait) binanın batı tarafında kalan 2 katlı kısmının tahsisi yapılmıştır.​

Toprak-Su Kaynakları Araştır​ma Enstitüsü Binası ( 2012 - 2015 )

                  Müdürlük binası ve yeri 2014 yılında Etnoğrafya Müzesi yapımı için Samsun Büyükşehir Belediyesine tahsis edilmiştir. Yapılan protokol gereği Büyükşehir Belediyesi tarafından Müdürlüğümüze Tekkeköy İlçesi Gelemen mevkiinde KTAE Müdürlüğüne ait arazinin 5 da.’lık kısmına 1650 m2 kullanım alanına sahip, 2 katlı modern bir hizmet binası yapılmıştır.  Müdürlüğümüz 05.10.2015 tarihinde yeni hizmet binasına taşınarak hizmet vermeye başlamış ve hizmetlerini halen burada sürdürmektedir.