Su Kalitesi Daire Başkanlığının görevleri şunlardır:
a) Su kaynaklarının kalitesinin korunmasına yönelik ilke, strateji ve hedefleri tespit etmek,
b) İçmesuyu alanları, hassas su alanları ve nitrata duyarlı hassas alanları belirlemek, bu alanlarda çevresel kalite hedefleri ve politikaları oluşturmak, uygulamaları takip etmek,
c) Türkiye’deki tabii göl ve sulak alanların su bütçesini çıkarmak, kalite kriterlerini belirlemek, izleme sonuçlarını değerlendirmek, iyileştirme projelerini hazırlamak, uygulanmalarını takip etmek, raporlamak,
ç) Alıcı ortam özelliklerinin ve kirletici özümleme kapasitesinin belirlenmesini sağlamak, su kalitesi ile alakalı kriterleri geliştirmek ve standartları belirlemek, alıcı ortam kirliliğinin önlenmesi ile alakalı tedbirleri belirlemek, güncellemek ve uygulamaların takibini yapmak,
d) Yerüstü ve yeraltı sularının kalite sınıfına karar vermek, su kalitesinin iyileştirilmesi için plan ve projeler yapmak, bu plan ve projelerin uygulamalarını izlemek ve raporlamak,
e) Su Kirliliği açısından konvansiyonel kirleticiler ile öncelikli, endokrin bozucu ve diğer tehlikeli maddelerin su kütlelerinde sebep olduğu kirliliğin giderilmesi veya azaltılması için planlar hazırlamak, bu planların uygulanmasını takip etmek ve raporlamak,
f) Yerüstü, yeraltı ve kıyı sularının kalitesi ve çevresel kalite hedeflerinin belirlenmesi ile alakalı araştırma geliştirme çalışmalarını yapmak veya yaptırmak,
g) Su kalitesi ile alakalı eylem planlarının takibi ile ilgili ilke, esas, stratejileri ve politikaları belirlemek, bu eylem planlarının uygulamalarının takibini yapmak,
ğ) Daire Başkanlığı görev alanına giren hususlarda ulusal ve uluslararası çalışmaları takip etmek ve raporlamak, mevzuat hazırlamak, ihtiyaç duyulan konularda rehber doküman hazırlamak ve eğitim yapmak veya yaptırmak,
h) Genel Müdür tarafından verilen diğer görevleri yapmak.
