​Müdürlüğümüz, 08.06.2011 tarih ve 27958 sayılı Resmi Gazetede yayımlanarak yürürlüğe giren 639 sayılı Tarım ve Orman Bakanlığı'nın Teşkilat ve Görevleri Hakkında Kanun Hükmünde Kararname İle  Bitkisel Üretim Genel Müdürlüğüne bağlı olarak Adana'da kurulmuştur.

Hazineye ait Doğu Akdeniz Tarımsal Araştırma Enstitüsü Müdürlüğüne tahsisli Adana ili Yüreğir ilçesi Doğankent beldesinde yaklaşık 32 da arazi 2014 yılında Kurumumuza devredilmiştir. Ayrıca aynı parsellerde bulunan iki adet lojman ve bir hizmet binası 2011 senesinde Müdürlüğümüze tahsis edilmiş olup, gerekli iyileştirme çalışmaları sonucunda 2015 yılında Kurumumuz faaliyetlerine başlamıştır.

Kurumumuz, başlangıçta Adana, Aksaray, Batman, Bitlis, Diyarbakır, Gaziantep, Hakkari, Hatay, Kahramanmaraş, Kilis , Mardin, Mersin, Osmaniye, Siirt, Şanlıurfa, Şırnak, Van olmak üzere toplam 17 il sorumluluk alanımızda iken, Adıyaman Tohum Sertifikasyon Test Müdürlüğü'nün faaliyete başlaması ile 2024 yılından itibaren Adana, Aksaray, Gaziantep , Hatay, Kahramanmaraş, Kilis ,Mersin, Osmaniye, Şanlıurfa olmak üzere 9 il'e hizmet vermektedir.​​